sh5util

Section: Slurm Commands (1)
Updated: Slurm Commands
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NAME

sh5util - Tool for merging HDF5 files from the acct_gather_profile plugin that gathers detailed data for jobs running under Slurm
sh5util-Slurmで実行されているジョブの詳細データを収集するacct_gather_profileプラグインからHDF5ファイルをマージするためのツール

SYNOPSIS

sh5util

DESCRIPTION

sh5util merges HDF5 files produced on each node for each step of a job into one HDF5 file for the job. The resulting file can be viewed and manipulated by common HDF5 tools such as HDF5View, h5dump, h5edit, or h5ls.
sh5utilは、ジョブの各ステップの各ノードで生成されたHDF5ファイルを、ジョブの1つのHDF5ファイルにマージします。結果のファイルは、HDF5View、h5dump、h5edit、h5lsなどの一般的なHDF5ツールで表示および操作できます。

sh5util also has two extract modes. The first, writes a limited set of data for specific nodes, steps, and data series in "comma separated value" form to a file which can be imported into other analysis tools such as spreadsheets.
sh5utilには、2つの抽出モードもあります。1つ目は、特定のノード、ステップ、およびデータシリーズの限られたデータセットを「カンマ区切り値」形式でファイルに書き込みます。このファイルは、スプレッドシートなどの他の分析ツールにインポートできます。

The second, (Item-Extract) extracts one data time from one time series for all the samples on all the nodes from a jobs HDF5 profile.
2番目の（Item-Extract）は、ジョブHDF5プロファイルからすべてのノードのすべてのサンプルについて、1つの時系列から1つのデータ時間を抽出します。

- Finds sample with maximum value of the item. -アイテムの最大値を持つサンプルを検索します。

- Write CSV file with min, ave, max, and item totals for each node for each -各ノードの最小、平均、最大、およびアイテムの合計を含むCSVファイルをそれぞれに書き込みます

sample
サンプル

OPTIONS

-E, --extract

Extract data series from a merged job file.
マージされたジョブファイルからデータ系列を抽出します。

Extract mode options 抽出モードのオプション
-i, --input=path: merged file to extract from (default ./job_$jobid.h5)
抽出するマージ済みファイル（デフォルト./job_＄jobid.h5）
-N, --node=nodename: Node name to extract (default is all)
抽出するノード名（デフォルトはすべて）
-l, --level=[Node:Totals|Node:TimeSeries]: Level to which series is attached. (default Node:Totals)
シリーズがアタッチされるレベル。（デフォルトノード：合計）
-s, --series=[Energy | Lustre | Network | Tasks | Task_#]: Tasks is all tasks, Task_# (# is a task id) (default is everything)
Tasksはすべてのタスクです。Task_＃（＃はタスクID）（デフォルトはすべて）

-I, --item-extract

Extract one data item from all samples of one data series from all nodes in a merged job file.
マージされたジョブファイル内のすべてのノードから1つのデータシリーズのすべてのサンプルから1つのデータ項目を抽出します。

Item-Extract mode options アイテム抽出モードのオプション
-s, --series=[Energy | Lustre | Network | Task]
-d, --data: Name of data item in series (See note below).
シリーズ内のデータ項目の名前（下記の注を参照）。

-j, --jobs=<job(.step)>

Format is <job(.step)>. Merge this job/step (or a comma-separated list of job steps). This option is required.
フォーマットは。このジョブ/ステップ（またはジョブステップのコンマ区切りリスト）をマージします。このオプションは必須です。
Not specifying a step will result in all steps found to be processed.
ステップを指定しないと、すべてのステップが処理されることになります。

-h, --help

Print this description of use.
この使用法の説明を印刷します。

-o, --output=path

Path to a file into which to write.
Default for merge is ./job_$jobid.h5
Default for extract is ./extract_$jobid.csv

-p, --profiledir=dir

Directory location where node-step files exist default is set in acct_gather.conf.
ノードステップファイルが存在するディレクトリの場所は、デフォルトでacct_gather.confに設定されています。

-S, --savefiles

Instead of removing node-step files after merging them into the job file, keep them around.
ノードステップファイルをジョブファイルにマージした後で削除するのではなく、そのままにしておいてください。

--user=user

User who profiled job. (Handy for root user, defaults to user running this command.)
ジョブをプロファイルしたユーザー。（rootユーザーに便利です。デフォルトでは、このコマンドを実行しているユーザーです。）

--usage

Display brief usage message.
簡単な使用法メッセージを表示します。

Data Items per Series

Energy

Power
CPU_Frequency

Lustre

Reads
Megabytes_Read
Writes
Megabytes_Write

Network

Packets_In
Megabytes_In
Packets_Out
Megabytes_Out

Task

CPU_Frequency
CPU_Time
CPU_Utilization
RSS
VM_Size
Pages
Read_Megabytes
Write_Megabytes

PERFORMANCE

Executing sh5util sends a remote procedure call to slurmctld.
sh5utilを実行すると、リモートプロシージャコールがslurmctldに送信されます。
If enough calls from sh5util or other Slurm client commands that send remote procedure calls to the slurmctld daemon come in at once, it can result in a degradation of performance of the slurmctld daemon, possibly resulting in a denial of service.
リモートプロシージャコールをslurmctldデーモンに送信するsh5utilまたは他のSlurmクライアントコマンドからの十分な呼び出しが一度に着信すると、slurmctldデーモンのパフォーマンスが低下し、サービス拒否が発生する可能性があります。

Do not run sh5util or other Slurm client commands that send remote procedure calls to slurmctld from loops in shell scripts or other programs. Ensure that programs limit calls to sh5util to the minimum necessary for the information you are trying to gather.
シェルスクリプトまたはその他のプログラムのループからslurmctldにリモートプロシージャコールを送信するsh5utilまたはその他のSlurmクライアントコマンドを実行しないでください。プログラムがsh5utilの呼び出しを、収集しようとしている情報に必要な最小限に制限していることを確認してください。

Examples

Merge node-step files (as part of a sbatch script) ノードステップファイルのマージ（sbatchスクリプトの一部として）

sbatch -n1 -d$SLURM_JOB_ID --wrap="sh5util --savefiles -j $SLURM_JOB_ID"

Extract all task data from a node

sh5util -j 42 -N snowflake01 --level=Node:TimeSeries --series=Tasks

Extract all energy data: sh5util -j 42 --series=Energy --data=power

COPYING

Copyright (C) 2013 Bull.
Copyright (C) 2013 SchedMD LLC. Slurm is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version.

Slurm is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.

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Time: 22:00:05 GMT, April 09, 2020

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