Support for Multi-core/Multi-thread Architectures

Contents

Definitions
BaseBoard
Also called motherboard.
マザーボードとも呼ばれます。
LDom
Locality domain or NUMA domain. May be equivalent to BaseBoard or Socket.
ローカリティドメインまたはNUMAドメイン。BaseBoardまたはSocketと同等です。
Socket/Core/Thread
Figure 1 illustrates the notion of Socket, Core and Thread as it is defined in Slurm's multi-core/multi-thread support documentation.
図1は、Slurmのマルチコア/マルチスレッドサポートドキュメントで定義されているソケット、コア、およびスレッドの概念を示しています。
CPU
Depending upon system configuration, this can be either a core or a thread.
システム構成に応じて、これはコアまたはスレッドになります。

Figure 1: Definitions of Socket, Core, & Thread
Affinity
The state of being bound to a specific logical processor.
特定の論理プロセッサにバインドされている状態。
Affinity Mask
A bitmask where indices correspond to logical processors. The least significant bit corresponds to the first logical processor number on the system, while the most significant bit corresponds to the last logical processor number on the system. A '1' in a given position indicates a process can run on the associated logical processor.
インデックスが論理プロセッサに対応するビットマスク。最下位ビットはシステムの最初の論理プロセッサ番号に対応し、最上位ビットはシステムの最後の論理プロセッサ番号に対応します。特定の位置にある「1」は、プロセスが関連する論理プロセッサで実行できることを示します。
Fat Masks
Affinity masks with more than 1 bit set allowing a process to run on more than one logical processor.
1つ以上のビットが設定されたアフィニティマスクにより、プロセスを複数の論理プロセッサで実行できます。

Overview of srun flags

Many flags have been defined to allow users to better take advantage of this architecture by explicitly specifying the number of sockets, cores, and threads required by their application. Table 1 summarizes these options.
ユーザーがアプリケーションに必要なソケット、コア、スレッドの数を明示的に指定することにより、ユーザーがこのアーキテクチャをより効果的に利用できるように、多くのフラグが定義されています。表1は、これらのオプションをまとめたものです。

Low-level (explicit binding)
--cpu-bind=... Explicit process affinity binding and control options
明示的なプロセスアフィニティバインディングおよび制御オプション
High-level (automatic mask generation)
--sockets-per-node=S Number of sockets in a node to dedicate to a job (minimum)
ジョブ専用のノード内のソケット数（最小）
--cores-per-socket=C Number of cores in a socket to dedicate to a job (minimum)
ジョブ専用のソケット内のコアの数（最小）
--threads-per-core=T Number of threads in a core to dedicate to a job (minimum)
ジョブ専用のコア内のスレッド数（最小）
-B S[:C[:T]] Combined shortcut option for --sockets-per-node, --cores-per_cpu, --threads-per_core
--sockets-per-node、-cores-per_cpu、-threads-per_coreの組み合わせショートカットオプション
Task Distribution Options
-m / --distribution Distributions of: arbitrary | block | cyclic | plane=x | [block|cyclic]:[block|cyclic|fcyclic]
分布：任意| ブロック| サイクリック| 平面= x | [ブロック|サイクリック]：[ブロック|サイクリック| fサイクリック]
Memory as a consumable resource
--mem=mem amount of real memory per node required by the job.
ジョブが必要とするノードごとの実メモリの量。
--mem-per-cpu=mem amount of real memory per allocated CPU required by the job.
ジョブに必要な割り当てられたCPUごとの実メモリの量。
Task invocation control
--cpus-per-task=CPUs number of CPUs required per task
タスクごとに必要なCPUの数
--ntasks-per-node=ntasks number of tasks to invoke on each node
各ノードで呼び出すタスクの数
--ntasks-per-socket=ntasks number of tasks to invoke on each socket
各ソケットで呼び出すタスクの数
--ntasks-per-core=ntasks number of tasks to invoke on each core
各コアで呼び出すタスクの数
--overcommit Permit more than one task per CPU
CPUごとに複数のタスクを許可する
Application hints
--hint=compute_bound use all cores in each socket
各ソケットですべてのコアを使用する
--hint=memory_bound use only one core in each socket
各ソケットで1つのコアのみを使用する
--hint=[no]multithread [don't] use extra threads with in-core multi-threading
インコアマルチスレッドで追加のスレッドを使用しないでください
Resources reserved for system use
--core-spec=cores Count of cores to reserve for system use
システムで使用するために予約するコアの数
--thread-spec=threads Count of threads to reserve for system use (future)
システムで使用するために予約するスレッドの数（将来）

Table 1: srun flags to support the multi-core/multi-threaded environment
表1：マルチコア/マルチスレッド環境をサポートするためのsrunフラグ

It is important to note that many of these flags are only meaningful if the processes have some affinity to specific CPUs and (optionally) memory. Inconsistent options generally result in errors. Task affinity is configured using the TaskPlugin parameter in the slurm.conf file. Several options exist for the TaskPlugin depending upon system architecture and available software, any of them except "task/none" will bind tasks to CPUs. See the "Task Launch" section if generating slurm.conf via configurator.html.
これらのフラグの多くは、プロセスが特定のCPUと（オプションで）メモリとの親和性を持っている場合にのみ意味があることに注意することが重要です。一貫性のないオプションは通常、エラーになります。タスクアフィニティは、slurm.confファイルのTaskPluginパラメータを使用して設定されます。システムアーキテクチャと使用可能なソフトウェアに応じて、TaskPluginにはいくつかのオプションが存在します。「task / none」以外のオプションは、タスクをCPUにバインドします。configurator.htmlを介してslurm.confを生成する場合は、「タスクの起動」セクションを参照してください。

Low-level --cpu-bind=... - Explicit binding interface

The following srun flag provides a low-level core binding interface:
次のsrunフラグは、低レベルのコアバインディングインターフェイスを提供します。

--cpu-bind=        Bind tasks to CPUs
    q[uiet]         quietly bind before task runs (default)
    v[erbose]       verbosely report binding before task runs
    no[ne]          don't bind tasks to CPUs (default)
    rank            bind by task rank
    map_cpu:<list>  specify a CPU ID binding for each task
                    where <list> is
                    <cpuid1>,<cpuid2>,...<cpuidN>
    mask_cpu:<list> specify a CPU ID binding mask for each
                    task where <list> is
                    <mask1>,<mask2>,...<maskN>
    rank_ldom       bind task by rank to CPUs in a NUMA
                    locality domain
    map_ldom:<list> specify a NUMA locality domain ID
                    for each task where <list> is
                    <ldom1>,<ldom2>,...<ldomN>
    rank_ldom       bind task by rank to CPUs in a NUMA
                    locality domain where <list> is
                    <ldom1>,<ldom2>,...<ldomN>
    mask_ldom:<list> specify a NUMA locality domain ID mask
                    for each task where <list> is
                    <ldom1>,<ldom2>,...<ldomN>
    boards          auto-generated masks bind to boards
    ldoms           auto-generated masks bind to NUMA locality
                    domains
    sockets         auto-generated masks bind to sockets
    cores           auto-generated masks bind to cores
    threads         auto-generated masks bind to threads
    help            show this help message

The affinity can be either set to either a specific logical processor (socket, core, threads) or at a coarser granularity than the lowest level of logical processor (core or thread). In the later case the processes are allowed to utilize multiple processors within a specific socket or core.
アフィニティは、特定の論理プロセッサ（ソケット、コア、スレッド）に設定することも、最低レベルの論理プロセッサ（コアまたはスレッド）よりも粗い粒度で設定することもできます。後者の場合、プロセスは特定のソケットまたはコア内で複数のプロセッサを利用することができます。

Examples:

    • srun -n 8 -N 4 --cpu-bind=mask_cpu:0x1,0x4 a.out
    • srun -n 8 -N 4 --cpu-bind=mask_cpu:0x3,0xD a.out

See also 'srun --cpu-bind=help' and 'man srun'

High-level -B S[:C[:T]] - Automatic mask generation interface

We have updated the node selection infrastructure with a mechanism that allows selection of logical processors at a finer granularity. Users are able to request a specific number of nodes, sockets,  cores, and threads:
ノード選択インフラストラクチャを、より細かい単位で論理プロセッサを選択できるメカニズムで更新しました。ユーザーは特定の数のノード、ソケット、コア、スレッドをリクエストできます。

-B --extra-node-info=S[:C[:T]]            Expands to:
  --sockets-per-node=S   number of sockets per node to allocate
  --cores-per-socket=C   number of cores per socket to allocate
  --threads-per-core=T   number of threads per core to allocate
                each field can be 'min' or wildcard '*'

     Total cpus requested = (Nodes) x (S x C x T)

Examples:

    • srun -n 8 -N 4 -B 2:1 a.out
    • srun -n 8 -N 4 -B 2 a.out
      note: compare the above with the previous corresponding --cpu-bind=... examples
      注：上記を以前の対応する--cpu-bind = ...の例と比較してください。
    • srun -n 16 -N 4 a.out
    • srun -n 16 -N 4 -B 2:2:1 a.out
    • srun -n 16 -N 4 -B 2:2:1 a.out
            or
    • srun -n 16 -N 4 --sockets-per-node=2 --cores-per-socket=2 --threads-per-core=1 a.out
    • srun -n 16 -N 2-4 -B '1:*:1' a.out
    • srun -n 16 -N 4-2 -B '2:*:1' a.out
    • srun -n 16 -N 4-4 -B '1:1' a.out

Notes:

  • Adding --cpu-bind=no to the command line will cause the processes to not be bound the logical processors.
  • Adding --cpu-bind=verbose to the command line (or setting the CPU_BIND environment variable to "verbose") will cause each task to report the affinity mask in use
    コマンドラインに--cpu-bind = noを追加すると、プロセスが論理プロセッサにバインドされなくなります。--cpu-bind = verboseをコマンドラインに追加（またはCPU_BIND環境変数を "verbose"に設定）すると、使用中の類縁性マスクを報告する各タスク
  • Binding is on by default when -B is used. The default binding on multi-core/multi-threaded systems is equivalent to the level of resource enumerated in the -B option.
    -Bを使用すると、デフォルトでバインドがオンになります。マルチコア/マルチスレッドシステムでのデフォルトのバインディングは、-Bオプションで列挙されたリソースのレベルと同等です。

See also 'srun --help' and 'man srun'

Task distribution options: Extensions to -m / --distribution

The -m / --distribution option for distributing processes across nodes has been extended to also describe the distribution within the lowest level of logical processors. Available distributions include:
ノード間でプロセスを分散するための-m / --distributionオプションが拡張され、最低レベルの論理プロセッサー内での分散についても説明されています。利用可能なディストリビューションは次のとおりです。
arbitrary | block | cyclic | plane=x | [block|cyclic]:[block|cyclic|fcyclic]

The plane distribution (plane=x) results in a block:cyclic distribution of blocksize equal to x. In the following we use "lowest level of logical processors" to describe sockets, cores or threads depending of the architecture. The distribution divides the cluster into planes (including a number of the lowest level of logical processors on each node) and then schedule first within each plane and then across planes.
平面分布（plane = x）は、xに等しいblocksizeのblock：cyclic分布になります。以下では、「最低レベルの論理プロセッサ」を使用して、アーキテクチャに応じてソケット、コア、またはスレッドを説明します。分散により、クラスターがプレーン（各ノードの論理プロセッサの最低レベルの数を含む）に分割され、最初に各プレーン内で、次にプレーン間でスケジュールされます。

For the two dimensional distributions ([block|cyclic]:[block|cyclic|fcyclic]), the second distribution (after ":") allows users to specify a distribution method for processes within a node and applies to the lowest level of logical processors (sockets, core or thread depending on the architecture). When a task requires more than one CPU, the cyclic will allocate all of those CPUs as a group (i.e. within the same socket if possible) while fcyclic would distribute each of those CPU of the in a cyclic fashion across sockets.
2次元の分布（[block | cyclic]：[block | cyclic | fcyclic]）の場合、2番目の分布（ "："の後）により、ユーザーはノード内のプロセスの分散方法を指定でき、最低レベルの論理に適用されます。プロセッサー（アーキテクチャーに応じてソケット、コア、またはスレッド）。タスクが複数のCPUを必要とする場合、サイクリックはそれらのすべてのCPUをグループとして（つまり、可能であれば同じソケット内に）割り当てますが、fcyclicはこれらのCPUのそれぞれをソケット間で循環的に分散します。

The binding is enabled automatically when high level flags are used as long as the task/affinity plug-in is enabled. To disable binding at the job level use --cpu-bind=no.
タスク/アフィニティプラグインが有効になっている限り、高レベルのフラグが使用されると、バインディングは自動的に有効になります。ジョブレベルでバインドを無効にするには、-cpu-bind = noを使用します。

The distribution flags can be combined with the other switches:
配布フラグは他のスイッチと組み合わせることができます：

    • srun -n 16 -N 4 -B '2:*:1' -m block:cyclic --cpu-bind=socket a.out
    • srun -n 16 -N 4 -B '2:*:1' -m plane=2 --cpu-bind=core a.out
    • srun -n 16 -N 4 -B '2:*:1' -m plane=2 a.out

The default distribution on multi-core/multi-threaded systems is equivalent to -m block:cyclic with --cpu-bind=thread.
マルチコア/マルチスレッドシステムでのデフォルトのディストリビューションは、-cpu-bind = threadを指定した-m block：cyclicと同等です。

See also 'srun --help'

Memory as a Consumable Resource

The --mem flag specifies the maximum amount of memory in MB needed by the job per node. This flag is used to support the memory as a consumable resource allocation strategy.
--memフラグは、ノードごとのジョブに必要なメモリの最大量をMBで指定します。このフラグは、メモリを消費可能なリソース割り当て戦略としてサポートするために使用されます。

--mem=MB      maximum amount of real memory per node
              required by the job.

This flag allows the scheduler to co-allocate jobs on specific nodes given that their added memory requirement do not exceed the total amount of memory on the nodes.
追加されたメモリ要件がノード上のメモリの合計量を超えない場合、このフラグにより​​、スケジューラは特定のノード上のジョブを共同で割り当てることができます。

In order to use memory as a consumable resource, the select/cons_res plugin must be first enabled in slurm.conf:
メモリを消費可能なリソースとして使用するには、最初にselect / cons_resプラグインをslurm.confで有効にする必要があります。
 

SelectType=select/cons_res      # enable consumable resources
SelectTypeParameters=CR_Memory  # memory as a consumable resource

Using memory as a consumable resource is typically combined with the CPU, Socket, or Core consumable resources using SelectTypeParameters values of: CR_CPU_Memory, CR_Socket_Memory or CR_Core_Memory
メモリを消費可能リソースとして使用すると、通常は、CPU、ソケット、またはコアの消費可能リソースと組み合わされ、CR_CPU_Memory、CR_Socket_Memory、またはCR_Core_MemoryのSelectTypeParameters値が使用されます。

See the "Resource Selection" section if generating slurm.conf via configurator.html.
configurator.htmlを介してslurm.confを生成する場合は、「リソースの選択」セクションを参照してください。

See also 'srun --help' and 'man srun'

Task invocation as a function of logical processors

The --ntasks-per-{node,socket,core}=ntasks flags allow the user to request that no more than ntasks be invoked on each node, socket, or core. This is similar to using --cpus-per-task=ncpus but does not require knowledge of the actual number of cpus on each node. In some cases, it is more convenient to be able to request that no more than a specific number of ntasks be invoked on each node, socket, or core. Examples of this include submitting a hybrid MPI/OpenMP app where only one MPI "task/rank" should be assigned to each node while allowing the OpenMP portion to utilize all of the parallelism present in the node, or submitting a single setup/cleanup/monitoring job to each node of a pre-existing allocation as one step in a larger job script. This can now be specified via the following flags:
--ntasks-per- {node、socket、core} = ntasksフラグを使用すると、ユーザーは、各ノード、ソケット、またはコアでntasksだけを呼び出すように要求できます。これは--cpus-per-task = ncpusの使用に似ていますが、各ノードの実際のCPU数を知っている必要はありません。場合によっては、特定の数以下のntasksが各ノード、ソケット、またはコアで呼び出されるように要求できる方が便利です。この例には、OpenMP部分がノードに存在するすべての並列処理を利用できるようにしながら、各ノードに1つのMPI "タスク/ランク"のみを割り当てる必要があるハイブリッドMPI / OpenMPアプリの送信、または単一のセットアップ/クリーンアップ/より大きなジョブスクリプトの1つのステップとして、既存の割り当ての各ノードへのジョブを監視します。これは、次のフラグで指定できるようになりました。

--ntasks-per-node=n    number of tasks to invoke on each node
--ntasks-per-socket=n  number of tasks to invoke on each socket
--ntasks-per-core=n    number of tasks to invoke on each core

For example, given a cluster with nodes containing two sockets, each containing two cores, the following commands illustrate the behavior of these flags:
たとえば、2つのソケットを含み、それぞれに2つのコアを含むノードを持つクラスターがある場合、次のコマンドはこれらのフラグの動作を示しています。

% srun -n 4 hostname
hydra12
hydra12
hydra12
hydra12
% srun -n 4 --ntasks-per-node=1 hostname
hydra12
hydra13
hydra14
hydra15
% srun -n 4 --ntasks-per-node=2 hostname
hydra12
hydra12
hydra13
hydra13
% srun -n 4 --ntasks-per-socket=1 hostname
hydra12
hydra12
hydra13
hydra13
% srun -n 4 --ntasks-per-core=1 hostname
hydra12
hydra12
hydra12
hydra12

See also 'srun --help' and 'man srun'

Application hints

Different applications will have various levels of resource requirements. Some applications tend to be computationally intensive but require little to no inter-process communication. Some applications will be memory bound, saturating the memory bandwidth of a processor before exhausting the computational capabilities. Other applications will be highly communication intensive causing processes to block awaiting messages from other processes. Applications with these different properties tend to run well on a multi-core system given the right mappings.
異なるアプリケーションには、さまざまなレベルのリソース要件があります。一部のアプリケーションは、計算量が多い傾向がありますが、プロセス間通信をほとんどまたはまったく必要としません。一部のアプリケーションはメモリにバインドされ、計算機能を使い果たす前にプロセッサのメモリ帯域幅を飽和させます。他のアプリケーションは非常に通信集約的で、プロセスは他のプロセスからの待機中のメッセージをブロックします。これらの異なるプロパティを持つアプリケーションは、適切なマッピングが与えられたマルチコアシステムでうまく動作する傾向があります。

For computationally intensive applications, all cores in a multi-core system would normally be used. For memory bound applications, only using a single core on each socket will result in the highest per core memory bandwidth. For communication intensive applications, using in-core multi-threading (e.g. hyperthreading, SMT, or TMT) may also improve performance. The following command line flags can be used to communicate these types of application hints to the Slurm multi-core support:
計算集中型のアプリケーションでは、通常、マルチコアシステムのすべてのコアが使用されます。メモリにバインドされたアプリケーションの場合、各ソケットで単一のコアのみを使用すると、コアあたりのメモリ帯域幅が最大になります。通信集約型アプリケーションの場合、コア内マルチスレッド（ハイパースレッド、SMT、TMTなど）を使用すると、パフォーマンスも向上する可能性があります。次のコマンドラインフラグを使用して、これらのタイプのアプリケーションヒントをSlurmマルチコアサポートに伝えることができます。

--hint=             Bind tasks according to application hints
    compute_bound   use all cores in each socket
    memory_bound    use only one core in each socket
    [no]multithread [don't] use extra threads with in-core multi-threading
    help            show this help message

For example, given a cluster with nodes containing two sockets, each containing two cores, the following commands illustrate the behavior of these flags. In the verbose --cpu-bind output, tasks are described as 'hostname, task Global_ID Local_ID [PID]':
たとえば、2つのソケットを含み、それぞれに2つのコアを含むノードを持つクラスターがある場合、次のコマンドはこれらのフラグの動作を示しています。詳細な--cpu-bind出力では、タスクは「hostname、task Global_ID Local_ID [PID]」として記述されています。

% srun -n 4 --hint=compute_bound --cpu-bind=verbose sleep 1
cpu-bind=MASK - hydra12, task  0  0 [15425]: mask 0x1 set
cpu-bind=MASK - hydra12, task  1  1 [15426]: mask 0x4 set
cpu-bind=MASK - hydra12, task  2  2 [15427]: mask 0x2 set
cpu-bind=MASK - hydra12, task  3  3 [15428]: mask 0x8 set

% srun -n 4 --hint=memory_bound --cpu-bind=verbose sleep 1
cpu-bind=MASK - hydra12, task  0  0 [15550]: mask 0x1 set
cpu-bind=MASK - hydra12, task  1  1 [15551]: mask 0x4 set
cpu-bind=MASK - hydra13, task  2  0 [14974]: mask 0x1 set
cpu-bind=MASK - hydra13, task  3  1 [14975]: mask 0x4 set

See also 'srun --hint=help' and 'man srun'

Motivation behind high-level srun flags

The motivation behind allowing users to use higher level srun flags instead of --cpu-bind is that the later can be difficult to use. The proposed high-level flags are easier to use than --cpu-bind because:
ユーザーが--cpu-bindの代わりに高レベルのsrunフラグを使用できるようにする背後にある動機は、後者を使用するのが難しい場合があることです。提案されている高レベルのフラグは--cpu-bindよりも使いやすいです。

  • Affinity mask generation happens automatically when using the high-level flags.
    高レベルのフラグを使用すると、アフィニティマスクの生成が自動的に行われます。
  • The length and complexity of the --cpu-bind flag vs. the length of the combination of -B and --distribution flags make the high-level flags much easier to use.
    --cpu-bindフラグの長さと複雑さ対-Bフラグと--distributionフラグの組み合わせの長さにより、高レベルのフラグがはるかに使いやすくなります。

Also as illustrated in the example below it is much simpler to specify a different layout using the high-level flags since users do not have to recalculate mask or CPU IDs. This approach is much simpler than rearranging the mask or map.
また、以下の例に示すように、ユーザーがマスクまたはCPU IDを再計算する必要がないため、高レベルのフラグを使用して別のレイアウトを指定する方がはるかに簡単です。この方法は、マスクまたはマップを再配置するよりもはるかに簡単です。

Given a 32-process MPI job and a four dual-socket dual-core node cluster, we want to use a block distribution across the four nodes and then a cyclic distribution within the node across the physical processors. We have had several requests from users that they would like this distribution to be the default distribution on multi-core clusters. Below we show how to obtain the wanted layout using 1) the high-level flags and 2) --cpubind
32プロセスのMPIジョブと4つのデュアルソケットデュアルコアノードクラスターがある場合、4つのノードにまたがるブロック分散を使用してから、物理プロセッサー全体のノード内に循環分散を使用します。ユーザーから、このディストリビューションをマルチコアクラスタのデフォルトディストリビューションにしたいという要望がいくつかありました。以下では、1）高レベルのフラグと2）--cpubindを使用して、必要なレイアウトを取得する方法を示します。

High-Level flags

Using Slurm's high-level flag, users can obtain the above layout with:
Slurmの高レベルフラグを使用すると、ユーザーは上記のレイアウトを次のように取得できます。

% mpirun -srun -n 32 -N 4 -B 4:2 --distribution=block:cyclic a.out

      or

% mpirun -srun -n 32 -N 4 -B 4:2 a.out

(since --distribution=block:cyclic is the default distribution)

The cores are shown as c0 and c1 and the processors are shown as p0 through p3. The resulting task IDs are:
コアはc0およびc1として示され、プロセッサーはp0〜p3として示されています。結果のタスクIDは次のとおりです。

c0c1
p0 0 4
p2 2 6
c0c1
p1 1 5
p3 3 7

The computation and assignment of the task IDs is transparent to the user. Users don't have to worry about the core numbering (Section Pinning processes to cores) or any setting any CPU affinities. By default CPU affinity will be set when using multi-core supporting flags.
タスクIDの計算と割り当ては、ユーザーに対して透過的です。ユーザーは、コアの番号付け（セクションのコアへのピン留め）や、CPUアフィニティの設定について心配する必要はありません。マルチコアサポートフラグを使用すると、デフォルトでCPUアフィニティが設定されます。

Low-level flag --cpu-bind

Using Slurm's --cpu-bind flag, users must compute the CPU IDs or masks as well as make sure they understand the core numbering on their system. Another problem arises when core numbering is not the same on all nodes. The --cpu-bind option only allows users to specify a single mask for all the nodes. Using Slurm high-level flags remove this limitation since Slurm will correctly generate the appropriate masks for each requested nodes.
Slurmの--cpu-bindフラグを使用して、ユーザーはCPU IDまたはマスクを計算し、システムのコア番号を理解していることを確認する必要があります。コアの番号付けがすべてのノードで同じでない場合、別の問題が発生します。--cpu-bindオプションを使用すると、ユーザーはすべてのノードに単一のマスクを指定できます。Slurm高レベルフラグを使用すると、Slurmが要求された各ノードに適切なマスクを正しく生成するため、この制限がなくなります。

On a four dual-socket dual-core node cluster with core block numbering

The cores are shown as c0 and c1 and the processors are shown as p0 through p3. The CPU IDs within a node in the block numbering are: (this information is available from the /proc/cpuinfo file on the system)
コアはc0およびc1として示され、プロセッサーはp0〜p3として示されています。ブロック番号付けのノード内のCPU IDは次のとおりです（この情報は、システムの/ proc / cpuinfoファイルから入手できます）。

c0c1
p0 0 1
p2 4 5
c0c1
p1 2 3
p3 6 7

 resulting in the following mapping for processor/cores and task IDs which users need to calculate:
その結果、ユーザーが計算する必要があるプロセッサ/コアとタスクIDの次のマッピングが得られます。

mapping for processors/cores
c0c1
p0 0x01 0x02
p2 0x10 0x20
c0c1
p1 0x04 0x08
p3 0x40 0x80

task IDs
c0c1
p0 0 4
p2 2 6
c0c1
p1 1 5
p3 3 7

The above maps and task IDs can be translated into the following mpirun command:
上記のマップとタスクIDは、次のmpirunコマンドに変換できます。

% mpirun -srun -n 32 -N 4 --cpu-bind=mask_cpu:1,4,10,40,2,8,20,80 a.out

      or

% mpirun -srun -n 32 -N 4 --cpu-bind=map_cpu:0,2,4,6,1,3,5,7 a.out

Same cluster but with its core numbered cyclic instead of block

On a system with cyclically numbered cores, the correct mask argument to the mpirun/srun command looks like: (this will achieve the same layout as the command above on a system with core block numbering.)
循環的に番号が付けられたコアを備えたシステムでは、mpirun / srunコマンドへの正しいマスク引数は次のようになります（これにより、コアブロック番号が付いたシステムで上記のコマンドと同じレイアウトが実現されます）。

% mpirun -srun -n 32 -N 4 --cpu-bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7 a.out

Block map_cpu on a system with cyclic core numbering

If users do not check their system's core numbering before specifying the map_cpu list and thereby do not realize that the system has cyclic core numbering instead of block numbering then they will not get the expected layout.. For example, if they decide to re-use their mpirun command from above:
ユーザーがmap_cpuリストを指定する前にシステムのコア番号を確認せず、システムにブロック番号の代わりに循環コア番号が付いていることに気付かない場合、期待どおりのレイアウトが得られません。たとえば、再利用する場合上記のmpirunコマンド：

% mpirun -srun -n 32 -N 4 --cpu-bind=map_cpu:0,2,4,6,1,3,5,7 a.out

they get the following unintentional task ID layout:
次の意図しないタスクIDレイアウトを取得します。

c0c1
p0 0 2
p2 1 3
c0c1
p1 4 6
p3 5 7

since the processor IDs within a node in the cyclic numbering are:
巡回番号付けのノード内のプロセッサIDは次のとおりです。

c0c1
p0 0 4
p2 2 6
c0c1
p1 1 5
p3 3 7

The important conclusion is that using the --cpu-bind flag is not trivial and that it assumes that users are experts.
重要な結論は、-cpu-bindフラグの使用は簡単ではなく、ユーザーが専門家であることを前提としているということです。

Extensions to sinfo/squeue/scontrol

Several extensions have also been made to the other Slurm utilities to make working with multi-core/multi-threaded systems easier.
マルチコア/マルチスレッドシステムでの作業を容易にするために、他のSlurmユーティリティにもいくつかの拡張が行われています。

sinfo

The long version (-l) of the sinfo node listing (-N) has been extended to display the sockets, cores, and threads present for each node. For example:
sinfoノードリストの長いバージョン（-l）（-N）が拡張され、各ノードに存在するソケット、コア、スレッドが表示されます。例えば：
 

% sinfo -N
NODELIST     NODES PARTITION STATE
hydra[12-15]     4    parts* idle

% sinfo -lN
Thu Sep 14 17:47:13 2006
NODELIST     NODES PARTITION       STATE CPUS    S:C:T MEMORY TMP_DISK WEIGHT FEATURES REASON
hydra[12-15]     4    parts*        idle   8+ 2+:4+:1+   2007    41447      1   (null) none

% sinfo -lNe
Thu Sep 14 17:47:18 2006
NODELIST     NODES PARTITION       STATE CPUS    S:C:T MEMORY TMP_DISK WEIGHT FEATURES REASON

hydra[12-14]     3    parts*        idle    8    2:4:1   2007    41447      1   (null) none
hydra15          1    parts*        idle   64    8:4:2   2007    41447      1   (null) none

For user specified output formats (-o/--format) and sorting (-S/--sort), the following identifiers are available:
ユーザー指定の出力形式（-o /-format）およびソート（-S /-sort）の場合、次の識別子を使用できます。

%X  Number of sockets per node
%Y  Number of cores per socket
%Z  Number of threads per core
%z  Extended processor information: number of
    sockets, core, threads (S:C:T) per node

For example:

% sinfo -o '%9P %4c %8z %8X %8Y %8Z'
PARTITION CPUS S:C:T    SOCKETS  CORES    THREADS
parts*    4    2:2:1    2        2        1

See also 'sinfo --help' and 'man sinfo'

squeue

For user specified output formats (-o/--format) and sorting (-S/--sort), the following identifiers are available:
ユーザー指定の出力形式（-o /-format）およびソート（-S /-sort）の場合、次の識別子を使用できます。

%m  Size of memory (in MB) requested by the job
%H  Number of requested sockets per node
%I  Number of requested cores per socket
%J  Number of requested threads per core
%z  Extended processor information: number of requested
    sockets, cores, threads (S:C:T) per node

Below is an example squeue output after running 7 copies of:
以下は、7つのコピーを実行した後のsqueueの出力例です。

      % srun -n 4 -B 2:2:1 --mem=1024 sleep 100 & 
% squeue -o '%.5i %.2t %.4M %.5D %7H %6I %7J %6z %R'
JOBID ST TIME NODES SOCKETS CORES THREADS S:C:T NODELIST(REASON)
   17 PD 0:00     1 2       2     1       2:2:1 (Resources)
   18 PD 0:00     1 2       2     1       2:2:1 (Resources)
   19 PD 0:00     1 2       2     1       2:2:1 (Resources)
   13  R 1:27     1 2       2     1       2:2:1 hydra12
   14  R 1:26     1 2       2     1       2:2:1 hydra13
   15  R 1:26     1 2       2     1       2:2:1 hydra14
   16  R 1:26     1 2       2     1       2:2:1 hydra15

The squeue command can also display the memory size of jobs, for example:
squeueコマンドは、ジョブのメモリサイズも表示できます。次に例を示します。

% sbatch --mem=123 tmp
Submitted batch job 24

$ squeue -o "%.5i %.2t %.4M %.5D %m"
JOBID ST TIME NODES MIN_MEMORY
  24   R 0:05     1 123

See also 'squeue --help' and 'man squeue'

scontrol

The following job settings can be adjusted using scontrol:
以下のジョブ設定は、scontrolを使用して調整できます。
 

Requested Allocation:
  ReqSockets=<count>  Set the job's count of required sockets
  ReqCores=<count>    Set the job's count of required cores
  ReqThreads=<count>  Set the job's count of required threads

For example:

# scontrol update JobID=17 ReqThreads=2
# scontrol update JobID=18 ReqCores=4
# scontrol update JobID=19 ReqSockets=8

% squeue -o '%.5i %.2t %.4M %.5D %9c %7H %6I %8J'
JOBID ST TIME NODES MIN_PROCS SOCKETS CORES THREADS
   17 PD 0:00     1 1         4       2     1
   18 PD 0:00     1 1         8       4     2
   19 PD 0:00     1 1         4       2     1
   13  R 1:35     1 0         0       0     0
   14  R 1:34     1 0         0       0     0
   15  R 1:34     1 0         0       0     0
   16  R 1:34     1 0         0       0     0

The 'scontrol show job' command can be used to display the number of allocated CPUs per node as well as the socket, cores, and threads specified in the request and constraints.
'scontrol show job'コマンドを使用して、ノードごとに割り当てられたCPUの数、および要求と制約で指定されたソケット、コア、スレッドを表示できます。
 

% srun -N 2 -B 2:1 sleep 100 &
% scontrol show job 20
JobId=20 UserId=(30352) GroupId=users(1051)
   Name=sleep
   Priority=4294901749 Partition=parts BatchFlag=0
   AllocNode:Sid=hydra16:3892 TimeLimit=UNLIMITED
   JobState=RUNNING StartTime=09/25-17:17:30 EndTime=NONE
   NodeList=hydra[12-14] NodeListIndices=0,2,-1
   AllocCPUs=1,2,1
   NumCPUs=4 ReqNodes=2 ReqS:C:T=2:1:*
   OverSubscribe=0 Contiguous=0 CPUs/task=0
   MinCPUs=0 MinMemory=0 MinTmpDisk=0 Features=(null)
   Dependency=0 Account=(null) Reason=None Network=(null)
   ReqNodeList=(null) ReqNodeListIndices=-1
   ExcNodeList=(null) ExcNodeListIndices=-1
   SubmitTime=09/25-17:17:30 SuspendTime=None PreSusTime=0

See also 'scontrol --help' and 'man scontrol'

Configuration settings in slurm.conf

Several slurm.conf settings are available to control the multi-core features described above.
上記のマルチコア機能を制御するために、いくつかのslurm.conf設定を使用できます。

In addition to the description below, also see the "Task Launch" and "Resource Selection" sections if generating slurm.conf via configurator.html.
以下の説明に加えて、configurator.htmlを介してslurm.confを生成する場合は、「タスクの起動」および「リソースの選択」セクションも参照してください。

As previously mentioned, in order for the affinity to be set, the task/affinity plugin must be first enabled in slurm.conf:
前述のように、アフィニティを設定するには、まずタスク/アフィニティプラグインをslurm.confで有効にする必要があります。
 

TaskPlugin=task/affinity          # enable task affinity

This setting is part of the task launch specific parameters:
この設定は、タスク起動固有のパラメーターの一部です。

# o Define task launch specific parameters
#
#    "TaskProlog" : Define a program to be executed as the user before each
#                   task begins execution.
#    "TaskEpilog" : Define a program to be executed as the user after each
#                   task terminates.
#    "TaskPlugin" : Define a task launch plugin. This may be used to
#                   provide resource management within a node (e.g. pinning
#                   tasks to specific processors). Permissible values are:
#      "task/affinity" : CPU affinity support
#      "task/cgroup"   : bind tasks to resources using Linux cgroup
#      "task/none"     : no task launch actions, the default
#
# Example:
#
# TaskProlog=/usr/local/slurm/etc/task_prolog # default is none
# TaskEpilog=/usr/local/slurm/etc/task_epilog # default is none
# TaskPlugin=task/affinity                    # default is task/none

Declare the node hardware configuration in slurm.conf:
slurm.confでノードのハードウェア構成を宣言します。
 

NodeName=dualcore[01-16] CoresPerSocket=2 ThreadsPerCore=1

For a more complete description of the various node configuration options see the slurm.conf man page.
さまざまなノード構成オプションの詳細については、slurm.confのマニュアルページを参照してください。

Last modified 9 October 2019